Europakommisjonen fungerer som EUs utøvende organ og kan derfor sammenlignes med en regjering. Kommisjonen foreslår og håndhever EU-lovgivningen basert på retningen som er bestemt av Det europeiske råd (rådet hvor alle EU-landenes regjeringsledere sitter). Kommisjonen skal være nøytral fra nasjonale interesser og skal alltid handle etter hva som er ansett best for EU som helhet.
Hvert EU-land har én kommissær. Kommissærene fungerer på samme måte som ministerne i Norge og er ansvarlig for et politisk område (f. eks. handel, klima og energi, utdanning, osv.). En kommisær kan ikke instrueres av noen regjering og skal representere EU. Europakommisjonens president er Jean-Claude Juncker.
Europakommisjonen utarbeider og foreslår lovgivning som skal løse felles utfordringer på tvers av landegrenser. Hvert enkelt medlemsland gjennomfører EU-lovgivningen, men Kommisjonen er ansvarlig for å håndheve overholdelse hos medlemslandene. I EFTA-landene er det EFTAs overvåkningsorgan (ESA) som har denne oppgaven.
Kommisjonen er også ansvarlig for å utarbeide EUs budsjett. Dette blir deretter blir presentert for Europaparlamentet og rådet for Den europeiske union (Ministerrådet). I internasjonale institusjoner og forhandlinger er EU representert av Kommisjonen.